Ngày 22 tháng 5 năm 2016, Mai Khanh trúng cử Đại biểu Quốc hội Việt Nam khóa 14 nhiệm kì 2016-2021 tại đơn vị bầu cử số 2, tỉnh Ninh Bình gồm có thành phố Tam Điệp và các huyện: Kim Sơn, Yên Khánh, Yên Mô, được 304.568 phiếu, đạt tỷ lệ 85,32% số phiếu hợp lệ.

Nguyên nhân oan sai do thiếu sót về tố tụng

Ngày 31 tháng 10 năm 2016, thảo luận tại nghị trường Quốc hội, ông cho rằng án oan sai là do nhận thức của các cơ quan tiến hành tố tụng có vấn đề. Cụ thể, nhiều điều tra viên cho rằng có "thiếu sót" về mặt tố tụng nhưng không ảnh hưởng đến bản chất vụ án, điều này trái với luật chỉ xác định vi phạm hoặc không vi phạm thủ tục tố tụng. Do đó cần khắc phục tình trạng vi phạm thủ tục tố tụng.[8]